Deportivo Pasto fue el último equipo en clasificar a los cuartos de final de la Copa BetPlay luego de vencer a Real San Andrés en la tanda de penales, el encuentro terminó con igualdad a un gol, y ya desde los once pasos, el equipo pastuso se impuso 4-2, con este resultado consiguió el pase a los cuartos de final de la Copa.
Por otra parte, Deportes Quindío es el único equipo de segunda división que aún continúa con vida en la Copa luego de dejar en el camino a Deportivo Cali.
Los ocho clubes que clasificaron a la siguiente fase del campeonato son: Deportivo Pasto, Independiente Medellín, Deportes Quindío, Atlético Nacional, Deportes Tolima, Alianza Petrolera, Junior FC y América de Cali.
Las llaves se jugarán en enero de 2021 y el equipo campeón de la Copa Betplay obtendrá un cupo a la Copa Sudamericana 2022.
Así quedaron las llaves de los cuartos de final de la Copa BetPlay 2020:
Llave A: Deportivo Pasto vs. América de Cali
Llave B: Independiente Medellín vs. Junior FC
Llave C: Deportes Quindío vs. Alianza Petrolera
Llave D: Deportes Tolima vs. Atlético Nacional
Semifinales:
Ganador Llave A vs. Ganador Llave D
Ganador Llave B vs. Ganador Llave C
